Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 794,903 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 794,903 | 0 | A | T | 99.7% | 708.1 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 794,904 | 0 | C | G | 99.7% | 696.2 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (156/138); total (157/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 794,905 | 0 | T | A | 99.3% | 694.1 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/139); minor base C (2/0); total (157/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GTCGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCACTACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTCAAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTT > CP042583/794624‑795182 ||| cGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGAt < 1:509328/289‑1 (MQ=255) cGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTGTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGAt < 2:862420/289‑1 (MQ=255) aaGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATaa < 1:2071082/288‑1 (MQ=255) ttCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGttt > 1:991025/1‑288 (MQ=255) ttCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTa < 1:2530594/289‑1 (MQ=255) gCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtg > 2:271949/1‑289 (MQ=255) cGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCCTGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGGCCGGCGCGTATACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCCGGATAACGAGTTTACggtg > 2:598016/1‑289 (MQ=255) cGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtgtg > 1:1940862/1‑289 (MQ=255) gCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAG‑GGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCg < 2:1242515/289‑1 (MQ=255) aTTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTGAGTTTCAAGCTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAGCGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTg < 1:331143/289‑1 (MQ=255) 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ccACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAg > 1:1425764/1‑288 (MQ=255) aCCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACa < 1:300689/289‑1 (MQ=255) tgttgATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGTTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACGTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGTCAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTGTACTGTGTTTGGTc < 1:768150/251‑1 (MQ=255) 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ttgATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGc < 2:2081363/289‑1 (MQ=255) ttgATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGGTCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGTCAGAAAATGGGc > 2:2646945/1‑289 (MQ=255) tgctatGATCAAAAATGATCTCAGGTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCa < 1:2278316/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |