Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 795,861 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 795,861 | 0 | A | T | 100.0% | 1025.9 / NA | 423 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 795,862 | 0 | G | C | 99.8% | 1016.0 / NA | 423 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (193/229); minor base A (1/0); total (194/229) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 795,863 | 0 | T | A | 99.1% | 1007.1 / NA | 423 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (191/226); minor base C (3/1); total (194/229) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 423 total aligned reads displayed.
CGAGCTTTCTAAACGTGTGGGACTTTCCCCAACGCCGTGCCTTGAGCGTGTGCGTCGGCTGGAAAGACAAGGGTTTATTCAGGGCTATACGGCGCTGCTTAACCCCCATTATCTGGATGCAAGTCTTCTGGTATTCGTTGAGATTACTCTGAATCGTGGCGCACCGGATGTGTTTGAACAATTCAATACCGCTGTACAAAAACTTGAAG‑AAATTCAGGAGTGTCATTTAGTATCCGGTGATTTCGACTACCTGTTGAAAACACGCGTGCCGGATATGAGTGCCTACCGTAAGTTGCTGGGGGAAACCCTGCTGCGTCTGCCTGGCGTCAATGACACACGGACATACGTTGTTATGGAAGAAGTCAAGCAGAGTAATCGTCTGGTTATTAAGACGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAA > CP042583/795584‑796138 ||| cGAGCTTTCTAAACGTGTGGGACTTTCCCCAACGCCGTGCCTTGAGCGTGTGCGTCGGCTGGAAAGACAAGGGTTTATTCAGGGCTATACGGCGCTGCTTAACCCCCATTATCTGGATGCATCACTTCTGGTATTCGTTGAGATTACTCTGAATCGTGGCGCACCGGATGTGTTTGAACAATTCAATACCGCTGTACAAAAACTTGAAG‑AAATTCAGGAGTGTCATTTAGTATCCGGTGATTTCGACTACCTGTTGAAAACACGCGTGCCGGATATGTCAGCCTACCGt < 2:1076464/289‑1 (MQ=255) 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aaaCACGCGTGCCGGATATGTCAGCCTACCGTAAGTTGCTGGGGGAAACCCTGCTGCGTCTGCCTGGCGTCAATGACACACGGACATACGTTGTTATGGAAGAAGTCAAGCAGAGTAATCGTCTGGTTATTAAGACGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGa < 2:1176420/288‑1 (MQ=255) aaCACGCGTGACGGAGATGTCAGCCTACCGTACGTTGCTGGGGGAAACCCTGCTGCGTCTGCCTGGCGTCAATGACACACGGACATACGTTGTTATGGAAGAAGTCAAGCAGAGTAATCGTCTGGTTATTAAGACGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAAt < 2:2275098/289‑1 (MQ=255) cacGCGTGCCGGATATGTCAGCCTACCGTAAGTTGCTGGGGGAAACCCTGCTGCGTCTGCCTGGCGTCAATGACACACGGACATACGTTGTTATGGAAGAAGTCAAGCAGAGTAATCGTCTGGTTATTAAGACGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTa < 2:1704490/204‑1 (MQ=255) ||| CGAGCTTTCTAAACGTGTGGGACTTTCCCCAACGCCGTGCCTTGAGCGTGTGCGTCGGCTGGAAAGACAAGGGTTTATTCAGGGCTATACGGCGCTGCTTAACCCCCATTATCTGGATGCAAGTCTTCTGGTATTCGTTGAGATTACTCTGAATCGTGGCGCACCGGATGTGTTTGAACAATTCAATACCGCTGTACAAAAACTTGAAG‑AAATTCAGGAGTGTCATTTAGTATCCGGTGATTTCGACTACCTGTTGAAAACACGCGTGCCGGATATGAGTGCCTACCGTAAGTTGCTGGGGGAAACCCTGCTGCGTCTGCCTGGCGTCAATGACACACGGACATACGTTGTTATGGAAGAAGTCAAGCAGAGTAATCGTCTGGTTATTAAGACGCGCTAACACGGAACAGGTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAA > CP042583/795584‑796138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |