Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 797,267 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 797,267 | 0 | A | T | 99.0% | 898.3 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 797,268 | 0 | G | C | 99.0% | 897.8 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (181/197); minor base A (0/4); total (182/201) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 797,269 | 0 | T | A | 99.2% | 904.4 / NA | 383 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (181/198); minor base C (1/2); total (182/201) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
CGACGTCCTATTTAGCGGCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGAGTCAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGCACCTGCAGCTGAACAACCTGCGCAACAGCCGTATTATGCCCCTGCGCCAGAACAACCGGTGGCAGGTAACGCCTGGCAAGCCGAAGAGCAGCAATCCACTTTTGCTCCACAGTCTACATACCAGACTGAGCAAACTTATCAGCAGCCAGCCGCTCAGGAGCCGTTGTACCAACAGCCGCAACCCGTTGAACAGCAGCCTGTTGTG > CP042583/796987‑797548 ||| cgTCCTATTGTCGGGCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGACCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATgc < 1:1413384/288‑1 (MQ=255) tcTATTTTGTGGAAATCGGGCAACGCGGCAAGAATATGACAATTACGAACCATTATTAAACGTTGCGCCAATTACCGAACCTGCCGCTGTAGCACCTGCTGCTACAACGGCGAAACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCa < 2:1252386/287‑1 (MQ=255) ttttcgggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTg < 2:384077/283‑1 (MQ=255) ggCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGCTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTCGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACGCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGCCCACAAACGGGAGAGCCGGTTCTTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACACCAAGCCGTCACAATCTGCCCAGCCTGCCGtcc > 2:2256946/1‑287 (MQ=255) cAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCa < 1:232991/288‑1 (MQ=255) aCGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGc < 1:1618449/289‑1 (MQ=255) cAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTTCAGTGCAATATAATGAGCCg > 2:1185961/1‑288 (MQ=255) 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tatGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCaacaac < 1:2561345/289‑1 (MQ=255) aCGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCg > 1:617947/1‑275 (MQ=255) tCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATgc > 1:391259/1‑237 (MQ=255) 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attattAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGcagcag < 1:1247823/289‑1 (MQ=255) tattaAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGGCAAAATATGCGCCGCCTGCAGTACAATATAATGATGCGCTGCAACAGACCGTACACCCGCagcagc > 2:1648356/1‑288 (MQ=255) atgacaCGGTGCGCCATTTACCGAACCGGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCGGCGCCGTTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCg < 1:1465609/284‑1 (MQ=255) 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tGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCa > 2:1518794/1‑232 (MQ=255) tGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAg > 1:1142632/1‑233 (MQ=255) tGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGTCACAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGc > 1:298703/1‑288 (MQ=255) 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CGACGTCCTATTTAGCGGCAATCGTGCAACGCAGCCAGAATATGACGAATACGATCCATTATTAAACGGTGCGCCAATTACCGAACCTGTCGCTGTAGCAGCTGCTGCTACCACGGCGACACAAAGCTGGGCTGCGCCGGTTGAACCTGTGACTCAGACGCCGCCTGTTGCCTCTGTTGATGTTCCACCTGCGCAACCTACAGTAGCCTGGCAGCCTGTACCGGGTCCACAAACGGGAGAGCCGGTTATTGCTCCTGCACCGGAAGGTTACCCACAGCAGAGTCAATATGCGCAGCCTGCAGTGCAATATAATGAGCCGCTGCAACAACCAGTACAGCCGCAGCAGCCGTATTATGCACCTGCAGCTGAACAACCTGCGCAACAGCCGTATTATGCCCCTGCGCCAGAACAACCGGTGGCAGGTAACGCCTGGCAAGCCGAAGAGCAGCAATCCACTTTTGCTCCACAGTCTACATACCAGACTGAGCAAACTTATCAGCAGCCAGCCGCTCAGGAGCCGTTGTACCAACAGCCGCAACCCGTTGAACAGCAGCCTGTTGTG > CP042583/796987‑797548 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |