Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 798,845 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 798,845 | 0 | A | T | 100.0% | 572.1 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 798,846 | 0 | G | C | 99.6% | 557.7 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (118/120); minor base A (1/0); total (119/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 798,847 | 0 | T | A | 100.0% | 569.0 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (119/120); total (119/120) |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGAGTCGGGACCTTGCCCGTAGTCTTAGCACGGTGGCGGTGCGTGTCGTTGAAGTTATTCCTGGCAAACCCTATGTAGGTCTGGAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAA > CP042583/798570‑799122 ||| ttCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGc < 1:461237/283‑1 (MQ=255) ttCATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGtt < 1:1968414/288‑2 (MQ=255) cATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTTAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttc > 2:484980/1‑285 (MQ=255) cATCCGCTGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTGCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttc > 1:123377/1‑285 (MQ=255) 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tGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcgac > 2:557926/1‑278 (MQ=255) tGTTGATGCGTAATGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGttcactttcga < 1:2443423/288‑11 (MQ=255) aTGGCGACAGCCGTCCGTTGCATAAACCGACGACGCCGCTGCCTTCTCTGGATTTGCTGACACCGCCGCCGAGCGAAGTGGAGCCGGTAGATACCTTTGCGCTTGAACAAATGGCTCGCCTGGTGGAAGCGCGTCTGGCTGATTTCCGTATTAAAGCCGATGTCGTCAATTACTCTCCGGGGCCGGTTATCACTCGCTTTGAATTGAACCTGGCACCGGGCGTAAAAGCGGCGCGCATTTCTAACTTGTCACGGGACCTTGCCCGt < 1:494505/266‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |