Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 799,595 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 799,595 | 0 | A | T | 99.5% | 930.5 / NA | 396 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (172/219); total (176/220) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,596 | 0 | G | C | 99.5% | 928.9 / NA | 396 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (175/218); minor base T (1/1); total (176/220) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,597 | 0 | C | G | 99.5% | 935.2 / NA | 396 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (175/217); total (176/220) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
ATGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCAAGCGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACAGTCGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAAAGTCTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGCCCACAGTATGTTGATGGCATCACCTCCGACAGCGAAAGC > CP042583/799316‑799873 ||| aTGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATg > 1:748078/1‑289 (MQ=255) 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gggTTAATACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGGATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATAtt < 2:2352702/289‑1 (MQ=255) tataACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATTGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAATTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGa < 1:2543831/289‑1 (MQ=255) tataACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGa < 1:44240/289‑1 (MQ=255) tataACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGa < 1:2121366/289‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTAt < 1:2192351/288‑1 (MQ=255) aaaaaTTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATc > 1:1751355/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |