Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 470,462 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 470,462 | 0 | A | T | 100.0% | 754.1 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 470,463 | 0 | C | G | 99.0% | 732.8 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base G (151/157); minor base T (3/0); total (155/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 470,464 | 0 | T | A | 100.0% | 748.1 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (155/159); total (155/159) |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TGTATATATTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGACTTTGCATGCTAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCACTACGATTAATATGACCGAGCGTGGTCAGTATTTCGGCGAACAGGAACTGATGCGGCACATATTGCCGCCAGATTTCACCGGCCTGCTGTTCCGTGAGCCACTGATGCTGAACCGCATTGTACAACATTGCCCGCGGA > CP042583/470186‑470741 ||| atatTCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCAtcga < 1:2706581/283‑4 (MQ=255) tCAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAt > 2:587258/1‑289 (MQ=255) cAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTTATTGCCTCTAAACTTGTAAtt > 2:1807294/1‑289 (MQ=255) cAAATTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAAt > 1:546642/1‑288 (MQ=255) aaaTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCCGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCTTCGAAACTTGTAATTc > 1:2197182/1‑289 (MQ=255) aTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTcgc < 1:1329416/289‑1 (MQ=255) aTTCGCGGATGGCGGTTGCTTCGTCGTTATTTTTCTGTGCCTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTGTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTcgc < 1:628648/289‑1 (MQ=255) 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cTTCAGCGCTTTATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGAt < 1:2439211/289‑1 (MQ=255) tttATCGAGACGGGGATAAATAACAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTTATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCTTTGAATTGTCAGGACTCGATTCAACGTTTCCTgg > 2:2166016/1‑275 (MQ=255) aataaCAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGcc < 2:422029/289‑1 (MQ=255) 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cAAAATGGCGATAATCGCTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCg > 1:1244187/1‑289 (MQ=255) aaaGGGTGATAATCGCTCAGCCCCAGCGCTTCTACGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGAGCTAGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCGCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGc < 2:497270/289‑1 (MQ=255) cTCAGCCCCAGCTCTTCTGCGCTGGTGCCGATATTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTGTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCAAAACTTGTAATTCGCGCTGAATTGTCAGGACGCGATCCGACGTTCCCTGGCGGATAACCCCTTCGGTGCCAAAACACTTCCCGAGCGGCAGGGGACTGCCTTc > 2:1346587/1‑288 (MQ=255) 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tatTGTCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGctgaa < 1:2175698/288‑5 (MQ=255) atTGTCGGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGctgaacg < 1:2226052/289‑7 (MQ=255) tGTCTGCGAGTGAGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGctgaacgat < 2:762220/289‑9 (MQ=255) tCTGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCTTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTa > 1:2040011/1‑289 (MQ=255) tGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTAat > 1:932355/1‑289 (MQ=255) tGCGAGTGCGCTGGTACTCAATAAAGACGTCAGCAGTAAACCAGACCATCCGATGACGCGATTAAGGTTATTCTCCTTCATTTTCGGACTCCAGTTGCGCAACCTGTTCTGTGTTTAAACCTGCTTTGAGTAATAGTGATTGCATCGAAACTTGTAATTCGCGTTGAATTGTCAGGACGCGATCCAACGTTTCCTGGCTGATAACGCCTTCGGTGACCAAAAACTTGCCGAGCGGCAGAGAACTGCGTTCATGGCGCAATAACAACACGTTAATTGCTGAACGATTAat < 2:2204562/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |