| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 808,906 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 808,906 | 0 | A | T | 99.2% | 826.1 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (163/187); minor base C (3/0); total (166/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 808,907 | 0 | G | C | 99.4% | 825.6 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (163/185); minor base T (1/1); total (166/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 808,908 | 0 | T | A | 99.2% | 830.2 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (163/187); minor base C (3/0); total (166/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGAT‑GCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCAGTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACG > CP042583/808626‑809185 ||| tctTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGAT‑GCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCTTGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTAt > 2:2583371/1‑289 (MQ=255) 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aTGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCGTGATTTGGGTGGTTGTTGagag < 2:1806677/239‑1 (MQ=255) ccACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCt < 2:1417851/207‑1 (MQ=255) ccACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCt > 1:1417851/1‑207 (MQ=255) ggCAGGTAGGCGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGTCACGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATatgat > 1:1892748/1‑289 (MQ=255) cGTTGTCAGCTCATCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTg < 1:1172296/226‑1 (MQ=255) ||| TCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGAT‑GCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTCAGCAGTTCCTATTTTACCGGCAACCTTGTCGGTACATTGCTGACAGGGTATGTCATTAAGCGCATTGGCTTTAACCGCAGCTATTATCTGGCCTCCTTCATTTTTGCCGCTGGCTGTGCCGGCCTTGGCCTGATGATTGGATTCTGGAGCTGGTTGGCTTGGCGTTTTGTCGCGGGCGTCGGCTGTGCCATGATTTGGGTGGTTGTTGAGAGCGCGCTGATGTGCAGTGGGACGAGTCGTAACCGTGGGCGTTTGCTTGCTGCGTATATGATGGTTTATTACG > CP042583/808626‑809185 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |