| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 809,845 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 809,845 | 0 | A | T | 99.6% | 606.5 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 809,846 | 0 | G | C | 99.6% | 607.7 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (139/116); minor base T (0/1); total (139/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 809,847 | 0 | C | G | 100.0% | 610.6 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (139/117); total (139/117) | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TTGCGTGTTCAGGTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATACTGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGAGTTTTACCGCTATGCTAATGCAGAATTTCTCCGATAATTTATTGTTTATCATGATCGCCAGCGTAAGCTTTATCTATTTGCTGATGCTGCTGCGCAACGCCGGTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCA‑AGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATG > CP042583/809566‑810125 ||| gTCTTTGTCGTCATTCTCGGCAGTATCGCGATGCTTAGCCAGGCGGCGATGGCCCCAGCGTTATTCATCCTCGGTGCCGCTGGCTTTACGCTATATCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATACTGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGTCATTTACCGCTATGCTAATGCAGAATTTCTCCGATAATTTATTGTTTATCATGATCGCCAGCGTATCGTTTATCTATTTGCTGAtg < 1:2545656/288‑1 (MQ=255) 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atatCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATACTGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGTCATTTACCGCTATGCTAATGCAGAATTTCTCCGATAATTTATTGTTTATCATGATCGCCAGCGTATCGTTTATCTATTTGCTGATGCTGCTGCGCAACGCCGGTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCA‑AGCAGAGTGTGAACTTa < 2:188086/270‑1 (MQ=255) tatCCGGTGGCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATACTGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGTCATTTACCGCTATGCTAATGCAGAATTTCTCCGATAATTTATTGTTTATCATGATCGCCAGCGTATCGTTTATCTATTTGCTGATGCTGCTGCGCAACGCCGGTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCA‑AGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCtttt > 1:999847/1‑289 (MQ=255) ggCGATGGCATGGGCTTGCGAGAAAGTTGAACATCATCAACTGGTGGCGATGAACCAGGCCTTACTGTTGAGCTATACTGTGGGAAGTCTGCTTGGCCCGTCATTTACCGCTATGCTAATGCAGAATTTCTCCGATAATTTATTGTTTATCATGATCGCCAGCGTATCGTTTATCTATTTGCTGATGCTGCTGCGCAACGCCGGTCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTaaa > 1:1606294/1‑236 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |