| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 810,483 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 810,483 | 0 | A | T | 99.7% | 895.1 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (187/186); minor base C (1/0); total (188/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,484 | 0 | G | C | 98.9% | 886.2 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base C (184/186); total (188/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,485 | 0 | C | G | 99.7% | 882.0 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (187/186); total (188/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
TGGCAACGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTAGTTGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCAGCACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTAGTCGCGGTATGAAAAGCCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGAGTCTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTT > CP042583/810200‑810759 ||| aaCGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATc < 2:2537751/288‑1 (MQ=255) aCGTTGTTAATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCaa > 1:1681359/1‑289 (MQ=255) ctttgttTATAACTATGCCAACCAGGGGCTGGTTGTTTTGTTTTCATGGGTGTTTATCTTTTGCCTCTATTTCACACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATTGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGTACCCGGACTGGCTTATCTCGTCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCTCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCaaa < 1:2417342/287‑1 (MQ=255) aataaCTATGCCATCCAGGGGTTGGTGGTTGTTTTTTCATGGGTGTTTATCTTTGCACTCTATTTCACACCGTATGCGCTAATTGTTTGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGAGTCAGTACCGTGATTAAACACCCGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATGCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCGGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAatatt < 2:40091/289‑2 (MQ=255) 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