| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 810,561 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 810,561 | 0 | A | T | 100.0% | 759.2 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (170/146); total (170/146) | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,562 | 0 | G | C | 99.4% | 738.8 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (168/143); total (170/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 810,563 | 0 | T | A | 99.7% | 757.8 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (169/145); total (170/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
ACCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCAGCACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTAGTCGCGGTATGAAAAGCCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGAGTCTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGC > CP042583/810281‑810850 ||| acCTTATGCGCTAATTGTTGGTCAGTTAGGCTCGACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGGTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGt > 1:1369176/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |