Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 810,576 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 810,576 | 0 | A | T | 100.0% | 780.6 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (172/157); total (172/157) | |||||||||||
* | CP042583 | 810,577 | 0 | G | C | 99.4% | 769.5 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (170/156); total (172/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 810,578 | 0 | C | G | 98.8% | 771.4 / NA | 329 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (171/153); minor base T (1/3); total (172/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
TGTTGGTCAGTTAGGCAGCACCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTAGCCTAATCAAAGAATATAGTGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTAGTCGCGGTATGAAAAGCCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGAGTCTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTATTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATG > CP042583/810296‑810857 ||| taggctcgaCCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCgg < 2:683581/278‑1 (MQ=255) taggctcgaCCTTCAAAGATGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGtt < 1:2460572/280‑1 (MQ=255) cgaCCGTCAAAGATGGGCAGGGCGGGGTCAGGACCTGGATTAAACACACGGTGGGACCCGGACTGGCTTATCGCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATACCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGCGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGc < 2:73669/287‑1 (MQ=255) tGGGAAGGGCGGGGTCAGTACCTGGATTAAACACACGATGGGACCCGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTTGCAGGGAATGCTagg > 2:76474/1‑287 (MQ=255) 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cgcggcgggCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGtt > 2:1741454/8‑225 (MQ=255) ccGGACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCATGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGCAGGGATTGCTATGTTTGTTATGTCACTCCTGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGcc < 1:497604/289‑1 (MQ=255) ggACTGGCTTATCTCGCCGCGTGGACCTACTGGGTGGTGCATATTCCCTATCTGGCACAAAAACCCCAGGCAATTCTGATTGCGCTCGGTTGGGCGATGAAAGGCGACGGTTCGCTAATCAAAGAATATTCAGTCGTAGCGTTACAGGGGTTAACGCTGGTGCTGTTTATCTTCTTTATGTGGGTTGCTTCACGCGGTATGAAATCGCTGAAAATCGTCGGTTCTGTGGc < 1:1837204/230‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |