Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 820,649 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 820,649 | 0 | A | T | 99.7% | 837.1 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 820,650 | 0 | G | C | 100.0% | 837.8 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (187/167); total (187/167) | |||||||||||
* | CP042583 | 820,651 | 0 | C | G | 100.0% | 845.3 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (187/167); total (187/167) |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
TCCGAGAGATTCTTTTGTGTGATGCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGAGCGTGATGGAAGTGAGTCACCGTGGCAAAGAGTTCATTCAGGTTGCAGAGGAAGCCGAGAAGGATTTTCGCGATCTTCTTAATGTCCCCTCCAACTACAAGGTATTATTCTGCCATGGCGGTGGTCGCGGTCAGTTTGCTGCGGTACCGCTGAATATTCTCGGTGATAAAACCACCGCAGATTATGTTGATGCCGGTTACTGGGCGGCAAGTGCCATTAAAGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGG > CP042583/820378‑820926 ||| tCCGAGAGATTCTTTTGTGTGATGCAAGCCACATTTTTGCCCTCAACGGTTTTACTCATTGCGATGTGTGTCACTGAATGATAAAACCGATAGCCACAGGAATAATGTATTACCTGTGGTCGCAATCGATTGACCGCGGGTTAATAGCAACGCAACGTGGTGAGGGGAAATGGCTCAAATCTTCAATTTTAGTTCTGGTCCGGCAATGCTACCGGCAGAGGTGCTTAAACAGGCTCAACAGGAACTGCGCGACTGGAACGGTCTTGGTACGTCGGTGATGGAAGTGAGt < 1:1405975/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |