| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 828,582 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 828,582 | 0 | A | T | 99.1% | 794.9 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 828,583 | 0 | G | C | 99.4% | 796.7 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (171/162); minor base A (1/1); total (173/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 828,584 | 0 | T | A | 99.4% | 798.0 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (172/161); total (173/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTAAGTTTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTTGATGTCGGGCAAGGGCTGGCAATGGTGATAGCCAGAAACGGCAAAGCGATTCTCTATGACACAGGACTGGCCTGGCCTGAAGGGGATAGTGGGCAACAACTGATTATCCCCTGGCTCCACTGGCATAATCTTGAACCGGA > CP042583/828304‑828865 ||| gCAACTGGAAATAACCCTTCTGCTTTTGCCCGTTAAAATCGTCATATTTAATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTATCATTTTCCCCa < 2:732898/289‑1 (MQ=255) 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