| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 472,822 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 472,822 | 0 | G | C | 99.7% | 755.8 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 472,823 | 0 | C | G | 99.7% | 755.4 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (166/150); minor base A (0/1); total (166/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 472,824 | 0 | T | A | 99.4% | 760.0 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (165/151); minor base C (1/1); total (166/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
CGCTGATGAACATGATGACCGCTAACGTTATCGCGATTACTTTTAAGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATGTTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGTGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTTTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCGCTCGTTACCGCAACCGTGCCTTTATGCGCGACAACAATGCTTTTCACTATCGCCAGGCCAATACCGCTACCTTCACCTTTTCGCTGGCGGGAGGGGTCAACGCGATAGAAACGGTCAAACAATCGCGGTAAGTGCTCGGGCGCAATGGGCGTACCGGGGTTTTCGACGATAACTTGCACCAGGTGATCGACCGTCTGACAGCGCACTACAATTGTCTCTCCGGTTGGCGTATAACGCAGGGCGTTGCTAAGCAGGTTGCTTAGCGCCCGACGCAGCATCA > CP042583/472543‑473102 ||| cTGATGAACATGATGACCGCTAACGTTATCGCGATTACTTTTAAGCCGTAGAGCCAGGTAGCAAAAACATCAAGAAGCCAGTCCACACAAAAACCTTACATTAACGCTGGTTATATTTAGGGTGGCGTATATTAAGGTTTTTTATGAATTGAGACAGCTTTTTACCATTAATAGGTATGACTATTGCGGCACGTTATTTTTACACTGGTTATAAAAGTTGCCGTCTGCTGAAGGATTAAGCGGGTAATGTGATAACAAACCTTGTCCCCCGCGCATCCGACGTTACCGc > 1:1754152/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |