| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 839,555 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 839,555 | 0 | A | T | 99.3% | 663.2 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (143/143); minor base G (0/2); total (145/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 839,556 | 0 | G | C | 99.3% | 676.0 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (145/142); total (145/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 839,557 | 0 | C | G | 99.3% | 678.0 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (141/145); total (145/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GATTGAACGCGGTAAATTTCGCAGTCTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGA‑GCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGG‑TAGCCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATAGCATGCTCGACACCATTAACAGCCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGAGCGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACAGCCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCTG > CP042583/839275‑839836 ||| gcgGTAAATGTCGCTCACTGACGATGATTAACTTGGACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTGGACCTCGACGA‑GCTGGTCACGACGCTTGCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGG‑TTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCgt < 2:2303551/289‑1 (MQ=255) ggTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGA‑GCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCCCCAGCGGCTCGCC‑CGATAAAGGTCCGCACGGTAAGCTGCAAGCGGGGGTCTGCTATTCGATGCTCGACACAATTAACCCTCGCCACCAACGGgtgg > 2:1893981/1‑289 (MQ=255) gTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGA‑GCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGG‑TTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCgtggt > 1:2129072/1‑289 (MQ=255) aaTTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGA‑GCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGG‑TTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTggtggt < 1:365064/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |