Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 843,398 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 843,398 | 0 | A | T | 99.7% | 818.3 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 843,399 | 0 | G | C | 99.7% | 798.0 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (178/160); total (179/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 843,400 | 0 | C | G | 99.7% | 809.5 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (177/161); total (179/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
GCACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGCACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGC > CP042583/843118‑843677 ||| cATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGAtg > 2:1265364/1‑289 (MQ=255) aTGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGAtgg < 2:901627/289‑1 (MQ=255) aCTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTGTGGCCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTa < 2:946415/289‑1 (MQ=255) tGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACa > 2:1448509/1‑289 (MQ=255) 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tGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCt > 1:1803640/1‑288 (MQ=255) ggCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCg < 2:629022/288‑1 (MQ=255) aTTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGcac > 1:1226493/1‑221 (MQ=255) ggTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGcac < 2:438798/218‑1 (MQ=255) ggTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGcac > 1:438798/1‑218 (MQ=255) ccGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTgcgc > 2:2424313/1‑288 (MQ=255) ||| GCACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGCTGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCATTGAGCACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGC > CP042583/843118‑843677 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |