| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 845,146 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 845,146 | 0 | A | T | 99.7% | 772.7 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,147 | 0 | G | C | 99.7% | 765.9 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (168/158); total (168/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,148 | 0 | C | G | 98.5% | 766.3 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/2); new base G (165/156); total (168/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
GAAACAGCAGAAACTAAGCCGATGGATAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTG‑GAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATAGCCTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATAGCCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAACTCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCAGCAAT > CP042583/844867‑845427 ||| agAAACTAAGCCGATGGATAAGCAAACGACGTCTCGTAGTAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTG‑GAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGTTGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTATTCGCTGGTCTACTATCAg > 1:2288940/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |