| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 862,607 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 862,608 | 0 | G | C | 100.0% | 819.4 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (176/168); total (176/168) | |||||||||||
| * | CP042583 | 862,609 | 0 | T | A | 99.4% | 821.9 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (175/167); minor base C (1/1); total (176/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
TTTCGAAAAAGGACAAAAAATAACGCCAGGGGTTTATCGTGTCGATATTGTTCTGAATCAGACAATTGTAGATACGCGCAACGTCAATTTTGTTGAGATAACGCCAGAGAAGGGGATTGCCGCCTGTTTGACGACTGAAAGCCTGGATGCAATGGGTGTTAATACTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTAGTGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATAGCTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATAGTACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCT > CP042583/862330‑862893 ||| cGCCAGGGGTTTATCGTGTCGATATTGTTCTGAATCAGACAATTGTAGATACGCGCAACGTCAATTTTGTTGAGATAACGCCAGAGAAGGGGATTGCCGCCTGTTTGACGACTGAAAGCCTGGATGCAATGGGTGTTAATACTGATGCGTTTCCGGCTTTTAAACAACTGGACAAACAAGCGTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCg < 1:2219215/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |