Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 862,814 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 862,814 | 0 | A | T | 99.7% | 695.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (130/160); total (130/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 862,815 | 0 | G | C | 99.0% | 690.4 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (129/159); minor base A (1/2); total (130/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 862,816 | 0 | T | A | 100.0% | 700.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (130/161); total (130/161) |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GTGTGTGCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTAGTGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATAGCTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATAGTACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCAAACCGCAGAATGGAAGAATCTCAGCAGCTATTTGCAACGGGCGGTTATTCCTCTGAAAGGCGAACTGACCGTAGGTGATGATTATACTGCAGGCGATTTTTTCGATAGTGTCAGCTTTCGTGGTGTGCAGCTGGCGAGTGATGACAACATGCTGCCAGACAGCCTGAAAGGGTTTGCGCCTGTGGTGCGTGGTATCGCCAAAAGCAATGCCCAGATAACGATTAAGCAAAATGGTTACACCATTTACCAAACTT > CP042583/862534‑863093 ||| tgtgtgCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATgg < 2:2264089/288‑1 (MQ=255) tgtgtgCCATTGGCGGAGATTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGa > 2:795804/1‑289 (MQ=255) tgtgCCATTGGCGGAGATTTTTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACAGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAg > 1:2427528/1‑288 (MQ=255) agaTTATTCCGGATGCCAGCGTAACGTTTAATGTGAATAAACTCCGTCTGGAAATTTCAGTACCGCAAATCGCCATCAAAAGTAATGCCCGTGGTTATGTCCCCCCTGAACGTTGGGATGAAGGGATCAACGCGCTATTACTGGGATATTCGTTTAGCGGGGCTAACAGTATTCATAGCAGCGCAGACAGTGATTCTGGCGACCGCTATTTTCTGAATTTAAACAGTGGCGTTAATTTAGGCCCATGGAGATTGCGCAACAATTCAACATGGAGTCGTAGTAGTGGCCa > 2:1085873/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |