| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 863,495 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 863,495 | 0 | A | T | 99.7% | 891.1 / NA | 370 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 863,496 | 0 | G | C | 99.7% | 879.0 / NA | 370 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (187/182); minor base T (1/0); total (188/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 863,497 | 0 | T | A | 99.7% | 894.5 / NA | 370 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (187/182); minor base C (1/0); total (188/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
CATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATGAACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTAGCTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGAGTTATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTAGCTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACT > CP042583/863220‑863774 ||| cATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATGAACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCt < 2:1490280/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |