Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 865,279 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 865,279 | 0 | A | T | 99.7% | 741.5 / ‑4.4 | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (142/168); minor base . (0/1); total (142/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,280 | 0 | G | C | 99.4% | 734.9 / ‑5.9 | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/168); minor base T (1/1); total (142/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,281 | 0 | C | G | 99.4% | 733.5 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (141/168); total (142/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
ATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATAGTCCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGA > CP042583/865001‑865557 ||| aTAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAGAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCAt > 1:1408361/1‑289 (MQ=255) tcaaGACACTGTCTGAGGTGGCCGATGGGCATACGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTCATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCAt < 2:1456191/286‑1 (MQ=255) tAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCAt < 1:373220/288‑1 (MQ=255) aaaGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTGTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATtc < 1:969022/289‑1 (MQ=255) aTGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTCCTCCTACTCCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTCCGACCCT‑‑‑GGC‑GTTCAACCTTTAGGTGGGCGGGGGGAAGGCGGTAATTGCGGCAGCTTTGCCCGTAAAATATTTCAGCCTTCCGTT‑GCTTCGG‑CGGTCATTCCTCCTAt > 2:1205024/1‑289 (MQ=255) cAGAAGTGGCCGGTGGTCATTCGCCTCGGATTCATCGTTAGTCGATTTAGGCGACAACTAGTATAAAATTAATGACTATCTTGCAGCTAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCGCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGGAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTAtggcg < 2:2222736/289‑1 (MQ=255) ggCCGATGGGCATTAGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAGCTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTAtggcgctggcg < 2:979938/288‑1 (MQ=255) gCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGcgcg > 2:934024/1‑289 (MQ=255) gATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGAt < 2:2575747/288‑1 (MQ=255) aTTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTTGCGCGATTATATGaa > 2:1599484/1‑289 (MQ=255) 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tAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTg < 1:2063201/289‑1 (MQ=255) gCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTAtggcgctggcg < 1:133117/245‑1 (MQ=255) gCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTAtggcgctggcg > 2:133117/1‑245 (MQ=255) cGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCa < 1:934024/287‑1 (MQ=255) cGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCa < 1:1610451/287‑1 (MQ=255) cGAAAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCCGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCa < 1:1262186/287‑1 (MQ=255) aCAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTAtggcgctg > 1:2533083/1‑239 (MQ=255) cAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGAc < 1:2220913/288‑1 (MQ=255) cAACTGGGACAAAATTAATGACTATCTTGCCGGCAAAGTTTAATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGAc < 1:1386448/288‑1 (MQ=255) 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aaaaTTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTacac < 1:2432176/289‑1 (MQ=255) aaTTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATg > 2:1385239/1‑239 (MQ=255) ttAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATg < 1:2156455/237‑1 (MQ=255) 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gCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAAc > 1:2505803/1‑289 (MQ=255) ||| ATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATAGTCCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCT‑‑‑GGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGT‑C‑GTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGA > CP042583/865001‑865557 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |