Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 865,402 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 865,402 | 0 | A | T | 99.7% | 769.4 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 865,403 | 0 | G | C | 99.7% | 759.6 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (174/145); minor base A (1/0); total (175/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,404 | 0 | T | A | 99.1% | 763.2 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (173/144); minor base C (2/1); total (175/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
GCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGT‑CGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGG > CP042583/865124‑865685 ||| gTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑CGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGctcatg > 2:899675/1‑284 (MQ=255) 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gTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑CGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGaa < 1:891971/289‑1 (MQ=255) ggggggATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑CGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAgg > 2:687190/1‑289 (MQ=255) aCCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGC‑GGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGT‑CGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCt > 1:1038183/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |