| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 865,411 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 865,411 | 0 | A | T | 99.4% | 747.7 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (170/143); minor base C (2/0); total (172/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 865,412 | 0 | G | C | 99.7% | 748.4 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (172/142); minor base A (0/1); total (172/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 865,413 | 0 | T | A | 100.0% | 754.1 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (172/143); total (172/143) | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
CTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGG > CP042583/865133‑865685 ||| gCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCAAAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAAt > 1:1706600/1‑288 (MQ=255) gTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGACTGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACTTGTCTGGTACGATCAATTCCCTTGGCTCATGTTCCGTCAATGccc > 2:812224/1‑288 (MQ=255) gTTCCGTTCGGAAACGTGGGAAAAAGGGGGGGTACCCGATGTCATATTTGCGGACCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTGGCGTTTCCCTTAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGGTCGGTCGTCATTTCGCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGcc < 2:1530668/288‑1 (MQ=255) ccTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGgag > 1:2018412/1‑289 (MQ=255) 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tGGCGTATTTGCGACCCTGGCGCTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAGGCGGTAATGGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCt < 2:1821082/288‑1 (MQ=255) atTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGgagag > 1:556932/1‑249 (MQ=255) atTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGgagag < 2:556932/249‑1 (MQ=255) tGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTcc < 1:157422/289‑1 (MQ=255) cTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGtgttgt < 1:1635668/289‑1 (MQ=255) tGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTa > 2:2720321/1‑289 (MQ=255) 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ccGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAAcgcg < 1:1346248/288‑1 (MQ=255) ccGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCgg > 1:527097/1‑289 (MQ=255) gttcgttGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCa < 2:293323/262‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |