Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 865,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 865,624 | 0 | A | T | 99.4% | 737.8 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 865,625 | 0 | G | C | 99.7% | 742.9 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/153); minor base A (0/1); total (158/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,626 | 0 | T | A | 99.4% | 731.2 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (156/150); total (158/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGA‑TGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGGTGGAACATTACCGCTCTCTATTCCTGATGATGCAGACAGTATCGCGCGAATGAATGTCTATCCAGTCAGCACGACAGGTGTACCACCAGAAACCGGGCGATTTGAAGCCACGGCAACGGTGAGAATAAATTTTGATTAACGCGTGAACGTATGAAGAAAAAAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGAT > CP042583/865348‑865903 ||| gaaagACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTCCCTGTCTGGTACGCTAAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTTGGTGA‑TGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTTTAGGGCATAAACCTCTTGGTGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGTCACGTCCTggcgt < 1:2323559/285‑1 (MQ=255) cTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGA‑TGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGTCACGTCCTggcgtgggcgt > 1:359331/1‑289 (MQ=255) cacCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGA‑TGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGTCACGTCCTGGCGTGGGCgtggtggt > 1:89618/1‑286 (MQ=255) acCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGA‑TGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGTCACGTCCTggcgtgggc < 1:1490308/277‑1 (MQ=255) 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aTTAAGACGTCACGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGGTGGAACATTACCGCTCTCTATTCCTGATGATGCAGACAGTATCGCGCGAATGAATGTCTATCCAGTCAGCACGACAGGTGTACCACCAGAAACCGGGCGATTTGAAGCCACGGCAACGGTGAGAATAAATTTTGATTAACGCGTGAACGTATGAAGAAAAAAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGAt > 1:2637149/1‑289 (MQ=255) ||| TGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGA‑TGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCTGCTGGTGGAACATTACCGCTCTCTATTCCTGATGATGCAGACAGTATCGCGCGAATGAATGTCTATCCAGTCAGCACGACAGGTGTACCACCAGAAACCGGGCGATTTGAAGCCACGGCAACGGTGAGAATAAATTTTGATTAACGCGTGAACGTATGAAGAAAAAAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGAT > CP042583/865348‑865903 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |