Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 868,992 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 868,992 | 0 | A | T | 99.3% | 643.8 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (150/120); minor base C (2/0); total (153/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,993 | 0 | G | C | 99.6% | 644.9 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (153/119); minor base T (0/1); total (153/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,994 | 0 | T | A | 99.6% | 644.5 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (153/119); total (153/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTGCTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGTCAA > CP042583/868713‑869272 ||| tatCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGAGTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTAAGATAAAGAGCACGATCGAATGATGCACGATTTATCCAATGGAAGGCTATTTCGCTCACGTTGTGCGCGCa > 2:2095481/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |