Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 870,953 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 870,953 | 0 | A | T | 99.7% | 800.3 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (184/151); minor base C (1/0); total (186/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 870,954 | 0 | G | C | 99.4% | 785.6 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (184/149); minor base T (1/1); total (186/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 870,955 | 0 | C | G | 99.1% | 793.9 / NA | 337 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (183/151); total (186/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
ATGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCAGCCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACAGAGATGTTTAATCCTGGCGCGACCTTCGCTGTCCACTTCAGTGGTTTGAATGACACCATCCGCAACAGTCAGTACGGCGCGATGAAAGTGAAAGACGCGATCGTCG‑ATGCTTTCACGCGGAAAAATCTGCCGCGTCCAAATGTTGATCGCGATGCGCCGGATATCCGCGTTAACGTCTGGCTGCATAAAGAAACCGCC > CP042583/870676‑871234 ||| tGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGGGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACAAGAGCCTGATGTGGAGCCGCGTGGCCTCCCGTATTATGt > 2:1091962/1‑289 (MQ=255) ccTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTggg < 1:1293287/289‑1 (MQ=255) tCACGTACTTGTGTACGCTCCGGGTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGCTGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTgggtg > 1:2252917/1‑287 (MQ=255) cGTCCTTGTGTCCGCTCCGGTTTCGCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTAACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAGCTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACAGGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAgt < 2:1585296/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |