| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 874,987 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 874,987 | 0 | A | T | 100.0% | 536.4 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (116/110); total (116/110) | |||||||||||
| * | CP042583 | 874,988 | 0 | G | C | 99.6% | 527.7 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (116/109); total (116/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 874,989 | 0 | C | G | 100.0% | 535.8 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (116/110); total (116/110) | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCAGCCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGTCCCCGGTGTGGCACAACGTTAACCGTGGCGTGGGATGCCCCTCGGCAGCGTCCCACCGCCTATGCGTTGGCTGCACTGTTCATGCTGTTGCTGTCCAACTTGTTTCCTTTTGTGAATATGAACGTTGCAGGAGTTACCAGTGAAATTACATTACTGGAAATTCCCGGCGTGCTTTTTTCTGAGGACTACGCCAGCCTCGGCACCTTTTTCCTGTTGTTTG > CP042583/874709‑875266 ||| gaaTGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGTAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGAc < 1:2104474/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |