Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 876,160 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 876,160 | 0 | A | T | 100.0% | 770.5 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 876,161 | 0 | G | C | 99.7% | 757.5 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (155/166); minor base T (1/0); total (157/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 876,162 | 0 | C | G | 99.7% | 768.6 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (157/165); minor base T (0/1); total (157/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
AGTATTATGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGAGCATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCAGC‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGAGCTGGGATCGTCAACCTGAAAGTGAGCATGAGGAGTCCTGACAGTATGGAATCTAATAATGGGGAAGCCAAAATCCAGAAAGTGAAGAACTGGTCTCCCGTGTGGATATTTCCTATCGTCACGGCGCTCATTGGGGCCTGGGTTCTTTTTTATCATTACAGCCATCAGGGACCGGAAGTGACCCTGATCACCGCGAATGCGGAAGGAATTGAAGGTGGCAAAACCACCATTAAAAGCCGTAGCGTTGACGTCGGCGTGGTTGAAAGCGCCACACTGGCTG > CP042583/875881‑876440 ||| tGGTGCCAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAAcc < 2:1382139/289‑1 (MQ=255) 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ccAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGaa > 2:2181592/1‑288 (MQ=255) ccAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGaa > 2:2631237/1‑288 (MQ=255) ccAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGaa > 1:1278413/1‑288 (MQ=255) 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ccAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCAGGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCCCTGGTTCGTATGGGAGGTGTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATACTGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCGGCGTGTGTCGTGGGATCGTCACCCTaaat > 2:408248/1‑288 (MQ=255) cAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCTTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGaatc > 1:461578/1‑287 (MQ=255) cAACGTTAAAGATGATCGCCATCGCGTGGCTGTGTTGGGATGCCAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGaat < 1:2104108/288‑2 (MQ=255) 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ccAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGAATCAGAGCATgagg > 2:2531117/1‑258 (MQ=255) ccAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGAATCAGAGCATGAGGAGTCCTGACAGTATGGaa < 1:2399531/276‑1 (MQ=255) ccAAAGGGCATGGCAAGCGCGACAGTGAAAGAATGCATTTGATTTATGAAGTTGTTGAGTTTGTAGGCCGCTGGTCGATGATTGACGTTTTCGTTATCGCGGTGCTCTCG‑GCGCTGGTGCGTATGGGAGGTTTAATGAGTATTTATCCGGCAATGGGTGCATTAATGTTTGCTTTAGTCGTCATAATGACAATGTTTTCTGCTATGACGTTTGACCCGCGTTTGTCGTGGGATCGTCAACCTGAATCAGAGCATGAGGAGTCCTGACAGTATGGAATCTAATAATgggg > 2:155042/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |