| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 884,160 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 884,160 | 0 | A | T | 99.3% | 674.7 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 884,161 | 0 | G | C | 99.7% | 680.3 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (141/144); minor base T (0/1); total (141/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 884,162 | 0 | T | A | 99.7% | 679.0 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (141/143); total (141/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GCCCCTGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAAAGTCAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAAGTTTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGAGCAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTGAAAGAGAAAAGCACGCGCAATACCCGGGAAAG > CP042583/883877‑884437 ||| gtgAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACATTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGc > 2:770808/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |