Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 896,042 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 896,042 | 0 | A | T | 99.6% | 582.8 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (138/107); minor base G (0/1); total (139/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 896,043 | 0 | G | C | 99.6% | 583.4 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (138/108); total (139/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 896,044 | 0 | C | G | 99.6% | 583.6 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (136/108); total (139/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTAGCTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTACGCGCATCGAAG > CP042583/895763‑896323 ||| tGTCGAATGAATGCGCCCGCCGCTGACGTTGTAGTGTCAGGGAGACCACGATAAAAGCTATCGCCGCGCCCACTTCGAAGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACTACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCGGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTGC‑TACAGCcgc < 2:2259458/286‑1 (MQ=255) aaTGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGCTTCTTTCCCAATCTAGTCTGGTCACGGCTGCCGGGGCTGCGCGGACAATGGGTGCTGGGGGCGCGGT‑GCGTCGTACAGCGGCGTGGtt > 2:1816397/1‑282 (MQ=255) cGTCCGCGGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCcgc < 2:1678565/270‑1 (MQ=255) ccGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACCCGCCGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATGGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCCCAACTgg > 2:2200707/1‑289 (MQ=255) aaTGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAAc < 1:2614912/289‑1 (MQ=255) ctcacgccgcGCCCACCTCGACGCCGGAGAGGTCGTCCTGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCCGTACCAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGTCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAAc < 2:1037494/281‑1 (MQ=255) tggggATGATGACGCGGACCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCACTCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGc < 2:2213293/286‑1 (MQ=255) gaCGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGtt > 2:2047016/1‑229 (MQ=255) gaCGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGtt < 1:2047016/229‑1 (MQ=255) gCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAg < 1:2472644/289‑1 (MQ=255) aaaGGGTACTGCCTGTACAAAATGCGCTACAAAGGGCCTACCACCTATACCGCCTGTTCCTCCACACGCTGTAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATAGTCCGCAAAGGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGGGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCGCGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCa < 2:558370/286‑1 (MQ=255) ttACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCAt > 2:1345323/1‑289 (MQ=255) ttACTGCCTGTAAAAAAGGGGCTGCAAAGGGCCTACCCCCTATACCGCCTTTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCAt < 2:594033/289‑1 (MQ=255) aCTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATa > 1:325627/1‑288 (MQ=255) gTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAg < 2:186788/286‑1 (MQ=255) gTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAg > 1:186788/1‑286 (MQ=255) 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aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGAGACACCATCAATACACCCGGACGCCGCCTGGCGGTCGCCCCGAt > 2:1215852/1‑289 (MQ=255) ggTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACt > 1:342522/1‑224 (MQ=255) gATCGCGGTTCGTCC‑TCCGGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTACGCGCATCg < 2:331222/288‑1 (MQ=255) ||| TTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTAGCTTC‑TACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTACGCGCATCGAAG > CP042583/895763‑896323 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |