Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 897,424 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 897,424 | 0 | A | T | 99.2% | 618.4 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (143/120); minor base C (1/1); total (144/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,425 | 0 | G | C | 99.6% | 616.0 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (144/121); total (144/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 897,426 | 0 | C | G | 100.0% | 628.2 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (144/122); total (144/122) |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TACGGCGCATTCCCGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACAGCTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGAGCGTCGATCGCATGATGAGCGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGAGTACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGCGCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCTCGCCACTGCTTCCACGGAAAA > CP042583/897148‑897704 ||| tACGGCGCATTCCCGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAg < 2:1082509/289‑1 (MQ=255) cgcATTCCCGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCATCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGcc > 1:1759081/1‑288 (MQ=255) cgcATTCCCGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGAGGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGCATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGcc > 1:2710168/1‑288 (MQ=255) ttCCCGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGCGTTTGTCGACCACGCCTGGTCTCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCAGTTCGATGGCATCACCGACCCGCGGTACAACCCCGGCGCTGTCAAAGGCACCGGTACCAACATTCAGCAGCTGAATGCACAGGGACGATACTCGTGGAGCAAATCGCCAc > 2:601113/1‑286 (MQ=255) cGGATATTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGgcg < 1:1935020/289‑1 (MQ=255) tgtggCCTACGACGTTGGGGAGAAAAAGCTGCTGATGCCGGGCGGCGAGGTTATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGGCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGGCCACGCCTGGTATCGATATACCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTTGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGt < 2:2208978/285‑1 (MQ=255) tatTGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGt < 1:529811/289‑1 (MQ=255) tGCCAACGACTTTGGCGAGCAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACACGTGGTACAACACCGGCGATGTCCAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCCGCTGAATGAACAGGAACGCAACTCGGGGATCAAAGAGCCCCACTGCAGCGGTAAc > 2:1270600/1‑289 (MQ=255) tGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGCCTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCCGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCCACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGAGGGCCTCACCGACCCGTTGTACAACCCCGGCCATGTCAAACGCCGCGATACCAACATTCAGAAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGACTCAAAGCACCACGCTGGCCCGTTaa > 2:2712040/1‑288 (MQ=255) tGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAAc > 1:1287463/1‑289 (MQ=255) tGCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAAc > 1:888685/1‑289 (MQ=255) gCCAACGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAAcg < 2:1490841/289‑1 (MQ=255) aCGACTTTGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGCCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAACCGCCACGCGGGCCCGGTAAcgaggt > 2:2351531/1‑285 (MQ=255) tGGCGAGAAAAGTCTGCTGATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGATACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTg > 2:1722844/1‑289 (MQ=255) tgctgATGCCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGgcgcg < 1:325671/289‑1 (MQ=255) ggcgAGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCt < 1:997160/288‑1 (MQ=255) aaCGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAgcg > 1:28251/1‑219 (MQ=255) cGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGACGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGAt > 1:955966/1‑286 (MQ=255) aCTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGAtgctgc > 1:260715/1‑289 (MQ=255) aCTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGAtgctgc > 1:411856/1‑289 (MQ=255) aCTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGACCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGAtgctgc > 2:1846921/1‑289 (MQ=255) cctCAACAATGTGCGGCCGGTGGATTTGGTTGCTCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGCTATCCCAACGATCAGGTCGCGAGTCATCCGTTCGAGGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGAtgctgc < 2:2394241/286‑1 (MQ=255) 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tgcCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTgagtcggt < 1:2692370/289‑6 (MQ=255) gcCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTgagtcggtc < 1:1722844/289‑7 (MQ=255) aTTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCa < 2:768925/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |