| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 897,526 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 897,526 | 0 | A | T | 98.9% | 638.2 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (147/123); minor base G (2/1); total (150/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 897,527 | 0 | G | C | 99.3% | 635.6 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (149/124); total (150/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 897,528 | 0 | C | G | 99.6% | 645.3 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (150/124); total (150/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACAGCTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGAGCGTCGATCGCATGATGAGCGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGAGTACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGCGCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCTCGCCACTGCTTCCACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGAT > CP042583/897247‑897806 ||| tGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCCGGCCCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCGGCTGGCGCGCCCGTTAAGCGCTTATCACAAAGGCGAGGCGGCGCCCGGTGAGTCGGTCGACCGCatggt > 2:12679/1‑287 (MQ=255) ttGATCCGCAGCGGGTGCAGTGGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCatgatgt < 2:1859896/288‑2 (MQ=255) ttGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCatgatgt < 1:3885/288‑2 (MQ=255) aTCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGACGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCatgatgtcggc > 2:1121888/1‑284 (MQ=255) 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aGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCttt < 2:411856/288‑1 (MQ=255) tttGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTcc < 2:947041/288‑1 (MQ=255) tttGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCg > 1:332732/1‑289 (MQ=255) tGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCg < 2:697113/280‑1 (MQ=255) cACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCag > 1:2300533/1‑288 (MQ=255) gTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCt > 1:186900/1‑267 (MQ=255) 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atatCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGACCGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGGCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGCTGAACATGCCTCCTTCCGGTTACCAGTCACCGTTAGGCCg > 2:2175001/1‑288 (MQ=255) atatCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGc > 1:2706389/1‑289 (MQ=255) aTCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGCGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTCTCACAAAGGCGATGCTGCGTCCGGTGCGTCGGTCGATCGCCTGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTCACCCGTCACCGTTAGGCCGCATTCTGTGcc > 2:58393/1‑288 (MQ=255) 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ggCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGCGCGCACg < 2:1699822/288‑1 (MQ=255) gCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTAAATGAACCGGAACGTTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGAAACGCGGCGGAAGTGTGGCCGCTGGCGCGCAAGTTAACGCCTTAGACCAAAGGCGGTGCTGCGACCGTTTAGGCGGTCGAGCGCATGATGGCGGCGGTTAGCCGTCCGATTTCCTGTATCGAGTCAACGTTAGTCCGCATTTTGTGCCACGCGCAGGag > 2:1649264/1‑288 (MQ=255) cgtcttcggtatgctGGCACAACCCACCCGGGTGACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACAGACATTCAGCAGCGGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGCGCGCACGaa < 2:2024464/274‑1 (MQ=255) 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GTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACAGCTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGAGCGTCGATCGCATGATGAGCGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGAGTACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGCGCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTGAAAAACGGCAATCTCGCCACTGCTTCCACGGAAAAATGGGAACCTGCAACCTGGCCGACAGAGTGCCGTGGTGTCGGTTTTACCGAAGCGCCGCGCGGGGCGTTAGGCCACTGGGCCGCCATTCGCGATGGCAAGAT > CP042583/897247‑897806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |