| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 901,776 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 901,776 | 0 | A | T | 99.4% | 800.9 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (173/165); minor base G (1/1); total (175/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,777 | 0 | G | C | 99.7% | 799.6 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (174/165); minor base T (1/0); total (175/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,778 | 0 | C | G | 99.1% | 795.1 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (170/166); total (175/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
TTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCG‑TAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTGAAAA > CP042583/901502‑902055 ||| aTGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCG‑TAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGc < 2:852635/288‑1 (MQ=255) 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gCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTgg > 1:546414/1‑289 (MQ=255) aaTGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCt > 2:1345131/1‑72 (MQ=255) aaTGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTTGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTTCGCGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGTTGCTg > 2:2563071/1‑289 (MQ=255) cAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGACGCGATACCTCAGGTTg > 1:2043047/1‑166 (MQ=255) ||| TTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCG‑TAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTGAAAA > CP042583/901502‑902055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |