Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 441,107 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 441,107 | 0 | A | T | 99.5% | 878.1 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (166/199); minor base G (1/1); total (168/200) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 441,108 | 0 | G | C | 100.0% | 880.8 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (168/200); total (168/200) | |||||||||||
* | CP042583 | 441,109 | 0 | T | A | 99.2% | 873.0 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (165/199); minor base C (3/0); total (168/200) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.50e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
GCCGAATAGCAGCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTAAGTGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGT > CP042583/440828‑441384 ||| gCCGAATAGCAGCTATGTTCTTACCAATGACGATCTGGAATATCGCCACAAAGTCAGCCCGTATGTTGGCCGTACCATTGGCGCGCGTATCACGAAAACCATCTTACGTGGTGATGTGATTTACGACATTGAACAGGGCTTCCCTGTTGCGCCGAAAGGTCAATTTATCCTTAAACATCAGCAGTAATCTGGCCCCTGCAATGCCCGTCCTTGCGGCGGGCATTCTCCGGTTAAGGTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTc > 1:313412/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |