Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 479,249 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 479,249 | 0 | A | T | 98.5% | 596.7 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (118/137); minor base C (3/1); total (121/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,250 | 0 | G | C | 99.2% | 603.3 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (120/138); total (121/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,251 | 0 | C | G | 99.6% | 622.5 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (121/140); total (121/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CCGGAGATGCGCCGGGGCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCAGCGC‑GCTGGTGGCGATTATTAGCTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGAGCTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTGGCAGCACCAGCATCCTGACGCCACGCTGGATAATAAAACGCGCTGGCAGGTGATCACCGATGCGTCTGTTGAAGTGGGGCCGGCGCTATTTATCAGTCTGCT > CP042583/478970‑479529 ||| agaTGCGCCGGGGCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGc > 1:987808/1‑289 (MQ=255) gaTGCGCCGGGGCATTGCCGAACGAACAGGCGAAGGCGAAGGGGCGGGGGGGGTGGTGATCCTGCAATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGGGGTCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATGGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGc < 2:2598059/288‑1 (MQ=255) gggCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGattatttcg > 1:301110/1‑286 (MQ=255) cATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGGGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGattatttcgtt < 1:951348/288‑6 (MQ=255) tAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGtt < 1:1306724/289‑1 (MQ=255) tAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGtt < 1:277658/289‑1 (MQ=255) aaCGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCCCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGGGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCCCGGC‑GCTGGTGGGGATTATTTCGTTTCCGCTGGGGTtgg > 2:1095986/1‑288 (MQ=255) aaCGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGAACGCAGCCAGCTCATTGACCGCCCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTAGTGTGGTGGCTGTAGGCCGTGCCGTGGTTCTCGGGCCTGTTCGCCTGGC‑TCCGGTGGCGATTATTTCGTTTCCGCGGGGGGtgg > 2:544192/1‑288 (MQ=255) ggcgaaggcgaaGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGCTCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTa < 1:2738436/289‑1 (MQ=255) gcgaaggcgaagTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCATGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTa < 2:301110/288‑1 (MQ=255) aagTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGc < 1:1841055/267‑1 (MQ=255) gcgggcggGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTTCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGc > 1:2619594/1‑262 (MQ=255) tggggggggggGATCGTGCGGTCCGGCAAAAGCGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGAGGAGGACAAACTGGACACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATACTTACAACATAGGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTGATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTAGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATg < 2:684770/285‑1 (MQ=255) cgggGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCa < 1:1095986/288‑1 (MQ=255) cgggGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCa < 1:2391309/288‑1 (MQ=255) cgaggtggtGATCCTTCGAACCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATGGCTTTTATTGTCATGCa < 1:842865/285‑1 (MQ=255) ggtggtGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTg < 1:2207902/256‑1 (MQ=255) acTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTg < 1:1276802/288‑1 (MQ=255) cTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTg < 1:1000254/289‑1 (MQ=255) cTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTGTTGCTTTTATTGTCAGTCACTTCCAGGGACTGa > 2:1042537/1‑289 (MQ=255) cTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCACATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGa > 1:1605110/1‑289 (MQ=255) gATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGc < 1:563422/289‑1 (MQ=255) 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aTCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCCGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTTTCATGCACTTCCAGGGACTGAATTCCAATATTATGTCGTTTGGTGGCTTTg > 2:291686/1‑289 (MQ=255) gccggtaaGGACAACCGGGAAACGCTGAAAAGTCGTCGGCAGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTg < 2:20647/283‑1 (MQ=255) gccgTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTg < 1:1701891/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |