Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 479,339 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 479,339 | 0 | A | T | 99.2% | 610.8 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (133/122); minor base G (1/1); total (134/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,340 | 0 | G | C | 99.6% | 598.4 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (134/122); total (134/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 479,341 | 0 | C | G | 99.6% | 617.0 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (133/123); minor base T (1/0); total (134/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
ATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCAGCGC‑GCTGGTGGCGATTATTAGCTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGAGCTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTGGCAGCACCAGCATCCTGACGCCACGCTGGATAATAAAACGCGCTGGCAGGTGATCACCGATGCGTCTGTTGAAGTGGGGCCGGCGCTATTTATCAGTCTGCTGATTATCACGTTGAGCTTTATCCCGATCTTCACCCTGGAAGGGCAGGAAGGGCGTCTGTTTGGCCCGTTGGCGTTCACCAAAACGTATGCG > CP042583/479066‑479620 ||| aTCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCAtt > 1:2595360/1‑288 (MQ=255) cgccgTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAGAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGAt < 1:2491563/288‑1 (MQ=255) gccggtaaGGACAACCGGGAAACGCTGAAAAGTCGTCGGCAGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTg < 2:20647/283‑1 (MQ=255) aaGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTc < 2:1516998/288‑1 (MQ=255) 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cTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTgg > 1:1774733/1‑276 (MQ=255) cTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTgg < 2:1774733/276‑1 (MQ=255) cTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGCGGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGC‑GCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGTCGTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTGGCAGCACCAGCAt > 1:37340/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |