Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 916,208 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 916,208 | 0 | A | T | 99.5% | 929.0 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (205/184); total (207/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 916,209 | 0 | G | C | 99.5% | 924.7 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (205/185); minor base A (1/1); total (207/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 916,210 | 0 | C | G | 99.5% | 925.3 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (204/187); minor base A (2/0); total (207/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
GAGCGAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAAATCGCCA > CP042583/915931‑916482 ||| gtcggAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGgc > 1:13898/5‑288 (MQ=255) cggAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGgcg < 1:1874325/285‑1 (MQ=255) gCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 1:1200498/289‑1 (MQ=255) tGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAg > 2:528793/1‑289 (MQ=255) ggcaaaTATACGGGGGCGGGATAGGCGTCGGGATTCATTAACCCGCGGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 2:1766928/284‑1 (MQ=255) cAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 1:2264087/288‑1 (MQ=255) cAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 2:706775/288‑1 (MQ=255) cAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGcaca < 2:1327451/289‑1 (MQ=255) tataCGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTa < 1:2290030/289‑1 (MQ=255) cGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGa > 2:1972109/1‑289 (MQ=255) ggTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCCGTGCGCACACTACGCt > 2:756655/1‑281 (MQ=255) aaagCCAGTAGTCCTTAGCCCGCCGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTGACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTgag < 2:1574727/287‑1 (MQ=255) agCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGaa > 1:741995/1‑289 (MQ=255) cAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCCACCAGTCCGCACACTACGCTGGGGGAAATTGGAAAGTa > 2:1171697/1‑289 (MQ=255) aGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTAc > 1:1357207/1‑289 (MQ=255) agtAACCCGAAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGGGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGGACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGaa < 2:1081293/287‑1 (MQ=255) ttAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAAc < 1:767466/289‑1 (MQ=255) cccGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACaa < 1:2509088/279‑1 (MQ=255) cAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc > 1:1730729/1‑237 (MQ=255) cAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGGACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCCGGTGGAAATTCGGAAGTACAACGGAAAAGTGGAGc > 2:2392628/1‑289 (MQ=255) aGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCACCGTGTTGACCACCGACATCGGTACACAGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTCAAACGGCACAGTGGAgga > 2:258460/1‑287 (MQ=255) aGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGc < 1:193497/288‑1 (MQ=255) ccggggcgcgggGTTTTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGa < 2:2423450/283‑1 (MQ=255) gcgGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTaa < 1:416512/289‑1 (MQ=255) gTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACg < 1:528793/288‑1 (MQ=255) ggTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGT‑A‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGCGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGAt > 1:265873/1‑289 (MQ=255) ggTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCATGGTGCGCTGAGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTAAGCTGGTGGAAATAGAGAAGCACAGCGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGgaga > 1:1584455/1‑289 (MQ=255) ggTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGAT‑AAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAA‑‑CCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACgg > 1:2353589/1‑247 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |