Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 481,034 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 481,034 | 0 | A | T | 99.7% | 727.1 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (156/148); minor base G (0/1); total (156/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 481,035 | 0 | G | C | 99.7% | 739.0 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (161/151); total (162/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 481,036 | 0 | C | G | 99.7% | 739.4 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (161/151); total (162/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAG > CP042583/480759‑481315 ||| tGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATcc > 1:2047729/1‑289 (MQ=255) 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tGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATg < 1:1706091/288‑1 (MQ=255) tGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATg < 2:2398361/288‑1 (MQ=255) tGCCGATGACGTTGATGTTTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTACCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTCCGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAgg < 1:585683/288‑1 (MQ=255) 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tgatgaTTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATAACACg > 1:1964306/1‑288 (MQ=255) atgatTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGgcg < 1:820833/289‑1 (MQ=255) tgatTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATCTGGTTGCTGTGGTGGATGGGCTTTCATCTTTCCGTGGCGACGGGCACTGGCTTTATCGCCCTCGCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGgcg < 1:79044/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |