| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 927,531 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 927,531 | 0 | G | C | 99.4% | 837.5 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 927,532 | 0 | C | G | 99.4% | 825.1 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (165/183); total (167/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 927,533 | 0 | T | A | 99.4% | 839.6 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (166/184); minor base C (1/1); total (167/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
TCCCTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTACTGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATT‑CCGCTCAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCGCTAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAATCA > CP042583/927255‑927811 ||| cccTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATT‑CCCGACAGAAAAtcgt < 1:846460/289‑1 (MQ=255) 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TCCCTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTACTGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATT‑CCGCTCAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCGCTAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAATCA > CP042583/927255‑927811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |