| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 935,155 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 935,155 | 0 | A | T | 99.6% | 601.2 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/139); minor base G (0/1); total (117/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,156 | 0 | G | C | 98.4% | 588.7 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (116/137); total (117/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,157 | 0 | T | A | 99.2% | 609.1 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/138); minor base C (0/2); total (117/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGC‑GTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGG‑CTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA > CP042583/934875‑935434 ||| tctggtgtccggaaTTCGGGCGGGGGTTATGTAAGCCGTCAGTGGCCAGCTGGTGGTGTGCTCGCTTGAGATTACCGAAGATTTGTACAAAGGGTTTCTGC‑GTGAACATGGCAGCCAGGAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGGGATGGTGCTGGTGGTGGCGCGGGTGGGGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGGAAACGGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGGGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATg < 2:2716407/277‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |