Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 944,630 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 944,630 | 0 | G | C | 99.4% | 748.8 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 944,631 | 0 | C | G | 99.4% | 757.5 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (154/162); minor base T (2/0); total (156/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 944,632 | 0 | T | A | 100.0% | 765.0 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (156/162); total (156/162) |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
GCTCATCAGGCACAGCATAACAGGTTCGTTGCTGGTGTAACCCACTTCCCCTTCAAGCAAGCGCTGGTAGTCAATAAAGCGGAAAACCCCGGCCTGAACTTCATAGGAAAGTATCGTCTTACTGGTGTTCACGCTAGAAAGGATCTCGCCGGTACTCACATTGACGACGCGCAGGTTCACGGCAATCTGATCGAGCTGGTATTGCGTGTCGGCACCGATGCCAAAATATCTTGCCCCAACCCCGCCAGATTTGACGTTGCTTTCATAACCGATAATGCTACCTTCAACCATGATATTTGCCGCCGTTAAAGATTGCAGCGGGATTCGGTTATTAATGGCAACCGTGCCGTTTTCTTGTGCCGCACGAATAATCTTGCGCTCGTTAAGCAGGTTTTGTAAGCCCTGGCGCTCCAGCGGTATAAACCAGCGAGAATCTTTCAGTGCCGTGACCAGCATTGCCGTGGCGCTTTGCGGAACAGCAGTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTATACGCTAACAAAGATTTT > CP042583/944354‑944911 ||| cgacatcaGGCACAGCATAACAGGTTCGTTCGAGGTGTAACCCACTTCCCCTTCAAGCAAGCGCTGGTAGTCAATAAAGCGGAAAACCCCGGCCTGAACTTCATAGGAAAGTATCGTCTTACTGGTGTTCACCGAAGAAAGGATCTCGCCGGTACTCACATTGACGACGCGCAGGTTCACGGCAATCTGATCGAGCTGGTATTGCGTGTCGGCACCGATGCCAAAATATCTTGCCCCAACCCCGCCAGATTTGACGTTGCTTTCATAACCGATAATCGAACCTTCAAcc < 1:124986/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |