| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 945,298 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 945,298 | 0 | A | T | 99.3% | 670.6 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (136/144); minor base G (1/1); total (138/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 945,299 | 0 | C | G | 99.7% | 664.9 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (137/145); minor base T (1/0); total (138/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 945,300 | 0 | T | A | 99.7% | 669.3 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (136/145); total (138/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGC‑AATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAA‑TTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACCAAAGTTTGGATTACGGAACTGGAAAGTCATGGTTCCAGCCCAACTTAATGGGCTAATAAGCATGAGTAGAACTACTGCATGTTTGACACGCATTGCAGCCTCCGAACAATTTTTTATTTAGAATTCATCATGCGCCAAATCGCCCGTACTTAATAACGCCTGATTTATCTGGCGAC > CP042583/945020‑945578 ||| cGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGC‑AATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAA‑TTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCAATa > 2:2610676/1‑289 (MQ=255) 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aaaGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGC‑AATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAA‑TTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCAATACCAAAGTCa < 1:856307/289‑1 (MQ=255) cgcTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGC‑AATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAA‑TTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGc > 1:1969864/1‑288 (MQ=255) tGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGC‑AATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAA‑TTTGTGACTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCTGAGGGTGttt < 2:1959004/261‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |