Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 946,409 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 946,409 | 0 | A | T | 100.0% | 766.3 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 946,410 | 0 | C | G | 99.7% | 756.7 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (142/175); total (143/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 946,411 | 0 | T | A | 99.7% | 765.4 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (142/174); total (143/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
AGTTACCACTATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCACTAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGGCTTTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATTAAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACACCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTGTGTGTAGTAATAAATCAGCCCTAAATGGGTAAAATA > CP042583/946129‑946690 ||| aGTTACCTGAATGCGTAATCAGGTAGCTGGCAAGCTTTTGCGTAAAGTAGCATTCGCCGCGCAGGACGCCTTGCAACCCATTGACAACACGTTCTTGATCCTCCATGGAATAAAAAACGCCGTTGATATGAGGCCAGTTTTCAATGTCGCGGTACGGGTAATCTTCAGGCGTATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGat > 1:777129/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |