| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 947,511 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 947,512 | 0 | G | C | 99.5% | 872.2 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (175/188); minor base A (2/0); total (177/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,513 | 0 | T | A | 99.5% | 885.4 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (175/189); minor base C (2/0); total (177/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |