Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 948,079 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 948,079 | 0 | A | T | 99.5% | 885.7 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 948,080 | 0 | G | C | 100.0% | 893.2 / NA | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (177/197); total (177/197) | |||||||||||
* | CP042583 | 948,081 | 0 | T | A | 99.2% | 896.1 / ‑3.3 | 374 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (176/195); minor base G (1/2); total (177/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
GTTTTACATGAAACTTTTAAAAGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCAGTGATGACAGCAGTATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTACTCTTGATCAGTGGAACGGCAAAAATTCTGAAATGACGGTTAAACAGTTCGGTGGTGGCAACGGTGCTGCAGTTGACCAGACTGCATCTAACTCCTCCGTCAACGTGACTCAGGTTGGCTTTGGTAACAACGCGACCGCTCATCAGTACTAATACATCATTTGTATTACAGAAACAGGGCGCAAGCCCTGTTTTTTTTCGGGAGAAGAATATGAATACGTTATTACTCCTTGCGGC > CP042583/947808‑948354 ||| tACATGAAACTTTTAAAAGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCTCAGATGACAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTg < 2:1208362/289‑1 (MQ=255) aaGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCTCAGATGACAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAgcgc < 2:2061595/289‑1 (MQ=255) aaGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATGCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGTCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCTCAGATGACAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAgcgc < 1:1747487/289‑1 (MQ=255) agcagcAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCTCAGATGACAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTAc > 1:930024/1‑288 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |