| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 482,467 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 482,467 | 0 | A | T | 99.7% | 839.6 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (174/177); minor base G (0/1); total (174/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,468 | 0 | G | C | 99.7% | 822.5 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (173/177); total (174/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,469 | 0 | C | G | 100.0% | 828.1 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (174/178); total (174/178) | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
AGTCTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGTGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACAGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTA > CP042583/482188‑482748 ||| tcccgtgtggtTTTACTCGCGTTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCtggtgg < 2:504029/283‑1 (MQ=255) gcTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTGGACTCTCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGCGTTAATGAACTATctgct > 1:357721/1‑288 (MQ=255) tgggtggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCaaaaa > 1:2517281/1‑288 (MQ=255) tggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCaa < 2:1691628/265‑1 (MQ=255) tggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGtt > 1:2570188/1‑289 (MQ=255) tggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGt < 2:122408/288‑1 (MQ=255) gAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTg > 1:749104/1‑289 (MQ=255) aaTCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTaa < 1:899662/252‑1 (MQ=255) aaTCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTaa > 2:899662/1‑252 (MQ=255) cAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGgtggtg > 1:1616433/1‑241 (MQ=255) aaGTAGCCCTGTTGTGATGATTTTCCCTATGCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATATCAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGgcg < 2:243215/288‑1 (MQ=255) aGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGgcg < 1:1018457/285‑1 (MQ=255) ttGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGc > 1:285543/1‑289 (MQ=255) 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aTAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa < 1:1798015/289‑1 (MQ=255) aaTCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACt < 1:1343462/289‑1 (MQ=255) tCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCa > 1:1104898/1‑287 (MQ=255) 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atcgctgtcagtgtATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCCTGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCACCGCTGCTGTTGAACTGGATTATGTACTGTGTGGCAGATCTGGTTTTTGGTGCCGCGCTGCGCCGTCAg > 2:715835/11‑289 (MQ=255) agtgtATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCCGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGaa > 2:2593482/2‑289 (MQ=255) gtATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCGGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAac < 1:2684596/288‑1 (MQ=255) 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cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa > 2:1047068/1‑213 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa < 2:793181/213‑1 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa < 1:1047068/213‑1 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa > 1:793181/1‑213 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |