| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 950,893 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 950,893 | 0 | A | T | 99.7% | 882.2 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (169/199); minor base G (0/1); total (169/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 950,894 | 0 | G | C | 99.5% | 885.1 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (167/200); minor base A (2/0); total (169/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 950,895 | 0 | T | A | 100.0% | 889.1 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (169/200); total (169/200) | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
AACTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTAGTACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGAGCATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGT > CP042583/950615‑951174 ||| aaCTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGTCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCt < 1:2071394/289‑1 (MQ=255)aaCTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCt < 1:2419120/289‑1 (MQ=255)aaCTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCt < 1:1780542/289‑1 (MQ=255) aCTCTTACGGATGGTGAGAAAAGGGGTAAAGATTGCGATCCTAACCAATTCTCTTGCCGCTAACGATGTTGCTGTCGTCCATGCCGGATACGCGCGCTGGCGCAAAAAATTGCTCCGCTATGGCGTGGAATTATATGAACTCAAGCCGACGCGTGAACAAAGTAGTACGTTACACGATCGCGGCATAACCGGTAATTCCGGAGCCAGCCTGCATGCTAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTc > 1:1700018/1‑289 (MQ=255) 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