Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 951,115 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 951,115 | 0 | A | T | 99.7% | 848.3 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (188/167); total (190/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 951,116 | 0 | G | C | 99.4% | 838.9 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (187/167); minor base A (2/0); total (190/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 951,117 | 0 | C | G | 99.2% | 837.8 / NA | 358 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (187/168); total (190/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
TAAAACCTTTAGCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTAGTACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGAGCATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTCTCACGCTTAACAACCGGTTTACCAGAGAACAAAAACTTCAGTAACGGGATGCGCAAATGAATTTCATACAGAATTATCGCAATCCCTACTACAAATATCAGGCCACAGAGAAAACCAAGCCAGTTGGAGGTGATGTGCGGTGTAATGTATGCGCCGAAAAACAGCGTTAACGGGTGGTGAACCAGATAGATAAACAGGCTTGCGTTAACAAAATAAGT > CP042583/950832‑951394 ||| tgCATCGATGGTAAAACGGTGTTTATCGGCTCTTTCAATTTCGATCCGCGTTCAACATTGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTgg < 2:24319/288‑1 (MQ=255) 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tGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTCTCACGCTTaaca > 1:2739569/1‑289 (MQ=255) tGCTCAATACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTCTCACGCTTaaca < 2:2353035/289‑1 (MQ=255) tACTGAAATGGGCTTCGTGATAGAGAGCGAAACGCTGGCACAGTTAATTGATAAACGCTTTATTCAGAGCCAGTATGATGCGGCCTGGCAGCTCCGTCTGGACAGGTGGGGACGGATCAACTGGGTTGATCGTCATGCAAAGAAAGAGATTATTCTCAAAAAAGAACCCGCCACCAGTTTCTGGAAGCGGGTTATGGTCAGACTGGCGTCGATATTGCCCGTGGAATGGTTATTGTAAATGTGGCTTAACGGGCTGGTGCTTTATCGTTCTCACGCTTAACCACCGGtt > 1:2316054/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |