| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 951,938 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (134/114); minor base . (1/1); total (135/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 951,940 | 0 | T | A | 99.2% | 593.4 / ‑5.9 | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (134/114); total (135/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CGTTTGCATGACAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACGCTTAGTTTTACCATGCTGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGACTTATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAG > CP042583/951659‑952217 ||| cGTTTGCATGACAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACCGATAGTTTTACCATCGAGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGTGATATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACAGCCCa > 2:1770525/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |