| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 482,719 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 482,719 | 0 | A | T | 99.3% | 718.2 / NA | 301 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (152/146); minor base G (1/1); total (154/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,720 | 0 | G | C | 99.3% | 710.7 / NA | 301 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (151/146); minor base A (1/1); total (154/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,721 | 0 | T | A | 99.7% | 719.3 / NA | 301 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/146); minor base C (0/1); total (154/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
CCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGAGTGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCTCTCATCCATTCGATGAGAGCGGTTTTTTTAATTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGAGAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCG > CP042583/482442‑483000 ||| tGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGCCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTTGCAGCGATC‑ctgtt > 2:25441/1‑287 (MQ=255) tttCCGGAGCGATCTCTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGgt < 2:286271/289‑1 (MQ=255) tttCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGgt < 1:2724928/289‑1 (MQ=255) ccGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGtgtg < 2:2628205/289‑1 (MQ=255) ggAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGa < 1:2307984/289‑1 (MQ=255) cgatatcttcgcTGGTTGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTCGTAGCAACGCTTCTGTTGAACTGGTTTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACTTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTg < 1:2665856/277‑1 (MQ=255) gtcaccttcgtgggtggtGTTAATAAACTTTCTGTGGCCGCAAAAGGCGTTTGGTCTGCTGAGGGCGCTGGTGGTAGCAAGGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTa < 2:1104898/277‑1 (MQ=255) atcacttcgcTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTTCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATTTGCACGATGGATGCTATTCGCTTTGAG‑GTGATC‑GTCCTGCCGGTCTGGATGGttt > 2:833119/10‑287 (MQ=255) ggtggtGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATg < 1:25441/289‑1 (MQ=255) gtggtgTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGgt < 1:837115/266‑1 (MQ=255) 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ctgctgCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTc < 2:90930/289‑1 (MQ=255) ccGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAAt > 2:2333300/1‑289 (MQ=255) cAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGa > 1:1000784/1‑244 (MQ=255) aGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCAtt < 1:882089/289‑1 (MQ=255) tGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGa > 1:1808879/1‑233 (MQ=255) tGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGa < 2:1808879/233‑1 (MQ=255) 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tggtAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATg < 2:149047/230‑1 (MQ=255) cGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAAt > 1:1318421/1‑246 (MQ=255) cGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAAt < 2:1318421/246‑1 (MQ=255) ttGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTT‑AAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGct > 1:1607469/1‑288 (MQ=255) tGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGct < 1:1838947/288‑1 (MQ=255) aaCTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGC‑TTGTCAGCGATC‑CTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCtctc > 1:1788780/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |